在分子生物學(xué)和基因工程的實(shí)驗(yàn)研究中，基因組DNA打斷技術(shù)是一個(gè)至關(guān)重要的步驟，常用于基因功能分析、基因組編輯以及轉(zhuǎn)基因生物的構(gòu)建。其中，超聲法與酶切法是兩種常見的基因組打斷方法，但各自具有各自的性能應(yīng)用。那在面對細(xì)菌基因組打斷時(shí)，我們該如何選擇應(yīng)用呢？
　　
　　將細(xì)菌基因組打斷，是構(gòu)建文庫的第一步，也是構(gòu)建多樣文庫的一個(gè)重要保障。下面我們看一下分別用超聲波和酶切法打斷“布魯菌16M株”基因組的效果圖。

超聲波和酶切法對布魯菌細(xì)菌基因組打斷的對比效果展示　　

調(diào)整超聲時(shí)間，打斷結(jié)果圖

基因組DNA打斷效果的檢測分析
　　
　　基因組打斷效果檢測分析：為了建立布魯菌基因組隨機(jī)文庫，通過用Sau3AI 酶切和超聲破碎基因組，得到想要的基因片段，為后續(xù)試驗(yàn)做準(zhǔn)備。所需基因片段小于500 bp，片段均勻，大小適中（通過調(diào)整不同參數(shù)，確定適合應(yīng)用的程序參數(shù)）。而通過電泳檢測可知， 酶切法得到的基因片段大多數(shù)都是小片段，超聲法得到的片段為一條抹帶，符合后續(xù)試驗(yàn)需要。
　　
　　超聲法對DNA的打斷是隨機(jī)的，且實(shí)驗(yàn)重復(fù)性較高。對于那些與DNA結(jié)合不緊密的蛋白或低豐度表達(dá)的蛋白，如調(diào)控因子、轉(zhuǎn)錄因子等通常需要用交聯(lián)試劑固定樣本 ( 細(xì)胞或組織) 以穩(wěn)定蛋白質(zhì)和DNA的形態(tài)，這種情況適合選用超聲法。如果樣本無需交聯(lián)，例如研究對象是與DNA 結(jié)合緊密的蛋白或高豐度表達(dá)的蛋白，那么便可以使用酶法。但酶切法得到的DNA片段相對較短，不適合染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)及與芯片方法的結(jié)合(CHIP－Chip) 實(shí)驗(yàn)和染色質(zhì)免疫沉淀測序(CHIP－Seq) 實(shí)驗(yàn)。
　　
超聲波DNA打斷用到的儀器：非接觸超聲波DNA打斷儀XM-26A單通道

　　超聲波DNA打斷儀采用等溫非接觸的方式對樣品進(jìn)行打斷、勻漿和混合。用于無菌、可超微量破碎，隔著離心管能打斷染色體。專為二代測序DNA樣本與染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)樣本前處理量身訂做。相比傳統(tǒng)的探頭超聲波破碎儀，探頭與樣品直接接觸，一次只能處理一個(gè)樣品，實(shí)驗(yàn)周期長。對于多個(gè)樣品，需要重復(fù)使用同一探頭，容易造成樣品交叉污染。非接觸式樣品可在密閉容器下進(jìn)行破碎，不產(chǎn)生感染性飛霧，超聲探頭與樣品不接觸，避免交叉污染。對于每天要處理多個(gè)樣品或者貴重樣品的實(shí)驗(yàn)室。
　　
　　非接觸超聲波DNA打斷儀具有處理高通量，樣本低損耗，無交叉污染等優(yōu)勢。逐漸成為ChiP(染色質(zhì)免疫共沉淀)和DNA剪切研究平臺不可缺少的標(biāo)準(zhǔn)化工具。